1960 წლიდან ლაბორატორია გადადის საქართველოს პოლიტექნიკური ინსტიტუტის შემადგენლობაში უკვე მსხვილი სამეცნიერო ორგანიზაციის სახით, სადაც რესპუბლიკის წამყვანი სპეციალისტების მიერ მიმდინარეობდა არა მარტო ჰიდროგეოლოგიური, არამედ საინჟინრო-გეოლოგიური პრობლემების კვლევა. 1974 წლიდან ეს ორგანიზაცია უკვე ჰიდროგეოლოგიისა და საინჟინრო გეოლოგიის სექტორის სახელწოდებით ისევ საქართველოს მეცნიერებათა აკადემიის შემადგენლობაში გადადის, ხოლო 1989 წლიდან გარდაიქმნა ჰიდროგეოლოგიის და საინჟინრო გეოლოგიის ინსტიტუტად. 2006-2010 წლებში მთავრობის დადგენილებით ინსტიტუტი საჯარო სამართლის იურიდიული პირის სტატუსით შედის საქართველოს ტექნიკური უნივერსიტეტის შემადგენლობაში და იწოდება საქართველოს ტექნიკური უნივერსიტეტის ჰიდროგეოლოგიის და საინჟინრო გეოლოგიის ინსტიტუტად.